תכנית הלימודים מבוססת על שלושה עקרונות מרכזיים: 

לימודי רוחב מקיפים: התלמידים ירכשו ידע בסיסי רחב ומושגי יסוד בכל אחד מהתחומים העיקריים המרכיבים את מדעי הקוגניציה: פסיכולוגיה, פילוסופיה, מדעי המחשב, מדעי המוח ובלשנות,. לצורך זה, יילקחו בכל אחד מהתחומים קורס מבוא וקורס מקיף מתקדם.

לימודי בחירה: על מנת להעשיר ולהרחיב את הידע בתחום מדעי הקוגניציה, מלבד לימודי החוג השני של התלמיד, עומדת בפני הסטודנטים בתכנית קשת רחבה של קורסי בחירה מתוך תחומי הידע השונים של מדעי הקוגניציה.

לימודים בין-תחומיים: הייחוד של התכנית הוא באינטגרציה בין תחומי הידע השונים. על מנת להצליח לשלב בהצלחה את הידע שנלמד בקורסים הבסיס והבחירה השונים, קורסים ייחודיים לתכנית ידונו במחקרים המשלבים רעיונות תיאורטיים ותחומי מחקר הלקוחים מתחומי ידע שונים. בקורסים יוקרתיים אלו, הפתוחים לתלמידי התכנית בלבד ונלמדים בקבוצות קטנות יחסית לקורסי מבוא אחרים, התלמידים יעמדו על החשיבות והיתרונות של השילוב בין ידע ומתודות שונות המאפיין את הגישה הבין-תחומית של מדעי הקוגניציה. החל מהשנה השנייה, לאחר חשיפה לתחומי הידע השונים בקורסי המבוא, ייערך סמינר ייחודי לחוג בו ירצו מרצים מהשורה הראשונה בארץ ובעולם, המשלבים במחקרם גישות תיאורטיות ומתודות מתחומים שונים במדעי הקוגניציה.